日本的商标授权确权制度的基础是注册主义，同时杂糅和借鉴了部分使用主义的规定。日本的商标申请注册，应当向日本特许厅递交商标注册申请文件，日本特许厅依职权对商标进行全面的审查，包括形式审查和实质审查，审查内容如果未通过审查绝对事由和相对事由，则审查人员必须向申请人发出驳回通知，同时通知其在一定期限内有提出意见的权利来进一步说明自己申请的商标，提起意见书制度可以为审查人员进一步判断提供更多的参考。
如果通过审查，则申请商标予以注册并进行公告。日本商标注册环节，日本也重视商标的使用问题，在审查过程中，审查员可以要求商标申请人提供真实使用商标的意图的证据，该制度可以有效减少缺乏使用意图的商标抢注行为。
日本于1996年由异议前置改为后置，异议理由和异议人的主体资格均无限制，异议受理部门特许厅审判部，实行行政一审。经审理认为异议理由不成立的，直接判决维持注册，无需被异议人答辩；认为异议理由成立的，则向被异议人发出撤销理由通知，才由被异议人陈述意见，然后做出维持或者撤销的判决。
商标的无效应当由申请人先向日本特许厅提出申请，之后进入审理中，审查员根据申请人和商标所有人提供的意见、理由和证据进行判断，特许厅商标审判部可以依据职权收集的资料进行审理，包括证人证言的采纳。
日本特许厅做出裁决之后，如果当事人不服，可以向法院提起诉讼，根据2015年的统计数据，司法审查维持行政决定的比例在60%以上，涉及双方当事人的案件是由双方当事人出庭，审查员可不直接参与应诉，因此在审理相关案件时心态也可以较为放松。
关于商标使用方面的制度，一个是，日本有关商标撤销制度要求连续三年未使用则有可能被撤销。另一个有特色的制度是商标先用权的规定，日本对通过使用积累了一定商誉的未注册商标会加以保护，这一制度从1921年一直延续至今，已经形成了完整的体系，该规定允许在先使用的商标即使在他人获准商标注册后仍可继续使用，但是在先使用依然是一种法律事实，并不产生任何权利关系，是一种消极权能。
日本商标授权确权制度改革，随着知识产权保护的重要性越来越突出，日本提出了知识产权战略，要求政府通过知识产权的创造、保护和应用，实现国民经济的健康发展和文化创造，提高企业国际竞争力，谋求国家的持续发展，日本三大经济集团中的经济团体联合会对政府的建议要求日本的商标政策规划必须有助于强化日本企业的竞争力。同时，日本在于其它国家就《跨太平洋伙伴关系协定》的不断磋商，使得日本的商标授权确权制度需要同步更新，正是基于以上的背景, 日本一直都在完善相关制度，日本对于商标权在内的知识产权保护愈来愈成熟和完善。
