日本商标注册方式有两种，一是直接向日本特许厅提交商标申请；二是通过马德里商标国际注册指定日本为保护国的方式，使得商标在日本受到保护。
在日本，自然人和法人均可申请商标这册。不具备法人资格的社团或财团，不得以其名义享有商标保护权力。日本商标法在第2条中明确规定商标申请人必须是在与自己业务有关的商品或服务上使用，或将来激活使用商标的人。因此，在商标申请时，必须填写自己的业务范围。
注册日本商标的条件：
1、申请人的所属国是《巴黎公约》的成员国。实际上，申请人即便不是《巴黎公约》成员国的国民，但是如果在任何一个成员国国内有住址或者真实有效的营业所，都可以被视为“准成员国国民”，都可以向日本进行商标注册申请。
2、申请人的所属国和日本已经签署有关商标保护的双边协定。
3、申请人的所属国和日本有互惠原则。
申请日本商标注册，需要准备以下申请材料：
1.商标申请书：申请书需包含申请人姓名、国籍、地址以及联系方式等信息，并且还需要有需注册商标的商品/服务类别信息，以及需注册的商标类别清单；
2.主体资格证明：以个人名义申请商标时，需准备申请人本人的身份证或护照复印件；以公司名义申请时，需准备申请人本人所属公司的工商营业执照副本；
3.商标图样：图样需清晰，并且以纸质文件提交时，图案尺寸，介于5X5厘米至10X10厘米之间；以电子形式提交时，其图样格式为jpg，图样文件大小应小于200KB，且图形像素介于“400×400”－“1500×1500”之间；
4.优先权证明资料：若有要求优先审查，需根据《巴黎公约》的规定，向日本商标主管机构提供优先权证明资料；
5.商标申请委托书：若申请人委托他人代为办理日本商标注册申请相关手续，需提供由申请人本人签章确认过的有效商标申请委托书一份。
日本商标注册流程与中国商标注册大同小异，在提交日本商标注册申请前一定要确认申请材料无误，避免因申请材料的问题出现补正或者商标驳回的情况，耽误商标注册时间。
