商标权和版权虽然都属于知识产权，但是受不同的法律保护，客体也不尽相同。
注册为商标后可以排除他人在相同或类似的商品上使用相同或近似的商标，但是不能排除他人在不相同或者类似的商品上注册或者使用（虽然可以以版权异议，但是若没有登记，就难以举证）。
在全部类别都注册保护成本相对来说就很高，这是最好的方式就是将其申请版权的登记，这样就可以排除他人将其作为商标注册了。
但是，不是所有的商标都可以申请版权登记的。
商标注册是商标使用人取得商标专用权的前提和条件，只有经核准注册的商标，才受法律保护。商标注册原则是确定商标专用权的基本准则，不同的注册原则的选择，是各国立法者在这一个问题中对法律的确定性和法律的公正性二者关系进行权衡的结果。
版权注册又叫版权登记，在中国，版权自作品创作完成之日起产生，版权登记不是取得版权的前提条件，但是版权登记证明文件是登记事项的一种初步证明，可以作为主张权利或提出权利纠纷行政处理或诉讼的证明文件。计算机软件，可由中国版权保护中心负责登记；其他具有独创性的作品：文字、美术、摄影、电影、音乐、建筑作品及工程设计图等，可由省版权登记部门负责登记。在某些国家，作品如未登记，将产生一些不利后果。
