在日本进行商标注册，提交日本商标注册申请前的检索十分重要，日本特许厅的网站上提供有检索网页，但其功能十分有限，基本上只能作相同商标的检索，而对于商标相似与近似与否，在日本是以发音为最重要的标准，再辅以含义和表现形式。
日本商标的近似要通过比较其外观、称呼（发音）、含义来判断，只要其中之一的近似程度对受众而言可能产生混淆，就认为两者近似。
在日本需要特别注意的是称呼的近似。日语中没有四声的音调变化，因此无法区别只有音调不同的两个称呼，而且，很多在中文能够区分的发音，例如“an”与“ang”被认为是相同发音，此外日语中无法区别汉语拼音中的“m”与“n”“n”与“ng”“s”与“sh”“l”与“r”，因此使得称呼近似的范围更为广泛。
此外，对于含有汉字的商标申请，中文中完全不同读音的汉字，日语读音相同而导致称呼相同的情况也屡见不鲜，例如“全聚德”和“禅习得”在中文中发音完全不同的两个词，在日语中发音完全相同。此外，中文日语中相同汉字的含义不同也会带来类似判断结果的差异，例如“新闻”在日语中是“报纸”的意思而非实事见闻。由于对于商标是否近似的判断，必须从日本受众的角度出发。
在日本进行商标检索的费用一般都是根据类似群组的数目而不像中国仅以类别数目来计算的。因此，在估计日本的申请费用时，需要将检索的费用（多个类似群组会产生成位费用）一并计算在内才不会超预算。
